O Instituto BioAtlântica vem atuando basicamente de duas formas: a primeira é a abordagem geográfica e ecossistêmica aos corredores de biodiversidade da Mata Atlântica e às suas porções costeira e marinha. Para tanto, a organização desenvolve os programas Corredor Central, Serra do Mar, Bacia do Rio Doce e Marinho. Nessas áreas, a organização executa e apóia programas e projetos em campo, fomentando a restauração e reconexão florestal, a conservação da biodiversidade, o uso sustentável dos recursos naturais, o fortalecimento do sistema de áreas protegidas, a participação social e a repartição equitativa dos benefícios advindos do uso da biodiversidade e dos recursos naturais.

A segunda forma de atuação do IBio é institucionalmente, em âmbito nacional, como agente transformador, interlocutor de setores sociais, proponente de políticas públicas ou como articulador e parceiro em iniciativas dos setores socioambiental e empresarial.

Com projetos e ações específicos, os programas seguem as premissas adotadas pelo instituto desde o começo:

Considerando ainda a conservação dos ecossistemas marinhos e costeiros que se estendem ao longo do Corredor Central da Mata Atlântica, o IBio recentemente iniciou parceria com a Conservação Internacional e The Nature Conservancy, batizada de Aliança Marinha, para a realização de um diagnóstico e identificação de ações prioritárias para proteção da diversidade marinha.